瓦屋山地处中国雨水最密集的“华西雨屏”区域，拥有国际性受胁鸟类灰胸薮鹛、金额雀鹛、暗色鸦雀、四川旋木雀等有9种鸦雀和8种噪鹛，是中国最适合观赏鸦雀类和噪鹛类的地方之一，还有国家一级保护鸟类中华秋沙鸭、黑鹳、黑颈鹤等。瓦屋山森林覆盖率98%以上，森林密布、水源充沛，生物多样性丰富，还是大熊猫、牛羚（羚牛）、云豹、藏酋猴、小熊猫、豹猫、林麝等珍稀野生动物繁衍生息的乐园。
近年来，洪雅县不断加大生态保护力度，群众保护环境意识不断增强，生态环境持续改善，优良的生态环境也吸引着越来越多的鸟类前来栖息、繁衍。目前，该县有植物3000余种，其中国家一级保护野生植物8种，国家二级保护野生植物30种，中国特有植物如珙桐、连香树等11种；有野生动物890种，其中鸟类309种，国家重点保护野生动物50种，其中国家一级保护动物8种。
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