教派分化严重
分析人士认为，伊拉克军队士气低落，不愿打仗，最重要的一个原因就是国内教派冲突已经深入军队系统，导致军队内部教派分化，各为其主。
在伊拉克人口中，什叶派穆斯林占绝对多数，但伊拉克战争之前，却是逊尼派长期执政。战争之后，什叶派上台执政，逊尼派深感不断被“边缘化”，加上“基地”组织挑唆，双方教派冲突不断升级，让伊拉克一度处于内战边缘。
此后，美军采取“招安”政策，收编了包括“觉醒委员会”在内的逊尼派民间武装，局面暂时得到控制，但在2011年美军撤离后，伊国内教派斗争再度抬头。
在国内教派冲突的大环境下，在战后开始组建的伊拉克军队很难不受波及。 东方前沿网
在伊拉克军队中，许多士兵是从什叶派民兵武装和逊尼派“觉醒委员会”中招募，他们效忠于各自教派和部落，没有“为国家而战”的意识。在巴格达，在什叶派士兵守卫的军方检查站，经常会悬挂什叶派的横幅或什叶派宗教领袖画像。
